Optimization of bulked AFLP analysis and its application for exploring diversity of natural and cultivated populations of red clover

Landraces and wild populations of red clover (Trifolium pratense L.) may represent a significant yet poorly characterized genetic resource of temperate grasslands. A bulking strategy with amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers was optimized to characterize 120 red clover populations in 6 different groups: Swiss wild clover populations, Mattenklee landraces, Mattenklee cultivars, field clover cultivars, Dutch wild clover populations, and Dutch landraces. Analysis of 2 bulked samples/population consisting of 20 plants each with12 AFLP primer combinations was found optimal for determining genetic diversity and relationships within and among red clover populations and groups. Swiss wild clover populations were clearly separated from all other red clover groups and variability within and among populations was shown to be particularly high in wild clover populations and Mattenklee landraces, emphasising their value as genetic resources for improvement of red clover cultivars, as well as for conservation and restoration of biodiversity. This study shows that the ancestry of red clover landraces is primarily found in introduced cultivars rather than in natural wild clover populations. In addition, the methodological considerations presented here may help improve diversity analyses using bulked samples.

Les variétés de pays et les populations sauvages du trèfle rouge (Trifolium pratenseL.) constituent possible-ment une ressource génétique considérable pour les prairies des zones tempérées, mais elles demeurent mal connues.Une stratégie d’analyse massale à l’aide de marqueurs AFLP (polymorphisme de longueur des produits amplifiés) a étéoptimisée afin de caractériser 120 populations de trèfle rouge appartenant à 6 groupes différents : trèfle sauvage suisse,variétés de pays de Mattenklee, cultivars de Mattenklee, cultivars de trèfle des champs, trèfle sauvage hollandais, varié-tés de pays hollandaises. L’analyse de 2 échantillons (amalgame de 20 plantes) par population à l’aide de 12 combinai-sons d’amorces AFLP s’est avérée optimale pour mesurer la diversité génétique et déterminer les relations parmi etentre les populations et groupes. Les populations du trèfle sauvage suisse étaient nettement séparées de tous les autresgroupes de trèfle rouge et la variabilité tant entre les populations qu’au sein de celles-ci était particulièrement élevéechez les populations de trèfle sauvage et chez les variétés de pays Mattenklee. Cela démontre leur intérêt en tant queressource génétique pour l’amélioration des cultivars de trèfle rouge de même que pour leur conservation et la restaura-tion de la biodiversité. Cette étude montre que les ancêtres des variétés de pays du trèfle rouge se trouvent principale-ment parmi les cultivars introduits plutôt qu’au sein des populations naturelles de trèfles sauvages. De plus, lesconsidérations méthodologiques présentées par les auteurs peuvent aider à améliorer les analyses de diversité faisantappel à des échantillons composés.